祖孙关系鉴定是通过对人类遗传标记的检测，根据遗传规律分析，对有争议的祖父母与被检孩子之间是否存在生物学祖孙关系进行鉴定。在常染色体遗传标记上，根据孟德尔遗传定律，孩子与亲生父母各方必定有一个等位基因同源。祖孙关系鉴定系隔代亲权鉴定，因此，第三代（孙）个体必定有一个等位基因源自其祖父母。

依据参照亲缘个体的多少，祖孙关系鉴定至少包括以下几种情形：生母、祖父、祖母同时参与下被检孩子与祖父、祖母间的祖孙关系鉴定；生母、祖父（或祖母）参与情形下被检孩子与祖父（或祖母）间的祖孙关系鉴定；祖父、祖母同时参与情形下被检孩子与祖父、祖母间的祖孙关系鉴定；祖父（或祖母）与被检孩子间的祖孙关系鉴定。

SF/Z JD0105005—2015《生物学祖孙关系鉴定规范》适用于生母、被检孩子、祖父、祖母同时参与情形下，祖父母与被检孩子间的生物学祖孙关系鉴定，这一鉴定的检验假设包括以下两种相互对立的两种假设关系：争议的祖父母与被检孩子为无关个体；争议的祖父母与被检孩子间存在生物学祖孙关系。本规范中的祖孙关系鉴定特指生母、祖父、祖母同时参与鉴定下被检孩子与祖父、祖母间的祖孙关系鉴定，该对争议祖父母，要么双方都与孩子存在祖孙关系，要么都不是孩子的祖父或者祖母。